Çırağan Sarayı inşaatının 27 Eylül 1871de tamamlanması üzerine, Sultan Abdülaziz gerekli hazırlıkların yapılmasından sonra 1872 yılı mayıs ayı başlarında yeni sarayına yerleşir. Saray inşaat alanında geriye kalan malzemelerin Ortaköyde Fatma Sultan için yapılmakta olan binada kullanılmasına karar verilir (6 Ağustos 1872).
Sultan Abdülaziz, yapımında hiçbir fedakârlıktan kaçınılmayan ve hazineye oldukça pahalıya mal olan Çırağan Sarayında çok uzun süre oturmadı. Sarayı ilk ziyaretinde üst kat salonunda parkeden ayağı kayıp düşmesi, halk arasında, mevlevihanenin yıktırılarak saray arasına katılmasının padişaha uğursuzluk getirdiği gibi dedikoduların çıkmasına yol açmıştı. Sarayın bir türlü ısıtılamaması da Sultanın yeniden Dolmabahçe Sarayına dönmesine sebep oldu. Ancak Haremin bir kısmı sarayda oturmaya devam etmişti. Sultan Abdülaziz son kez 1876 yılının 11 Martında buraya gelerek bir süre ikâmet etti.
30 Mayıs 1876da tahttan indirilen Sultan Abdülaziz Dolmabahçe Sarayından, Topkapı Sarayına gönderildi. Burada kendisine amcası III. Selimin dairesinin ayrılmış olduğunu görünce oldukça üzüldü. Üstelik dairede oturacak yer de yoktu. Kendisinin ve çocuklarının o sırada yağan yağmurdan sırılsıklam olmuş bir halde ortada kalması eski hükümdarı büsbütün incitmişti. Bir müddet sonra hazırlanan odaya geçince de Sultan V. Murada bir mektup yazarak kendi isteğiyle Çırağan Sarayının üst tarafında , karakolhaneye bitişik feriyye dairelerinden birine yerleştirildi (1 Haziran 1876). Fakat 4 Haziran 1876 günü odasında bilek damarları kesilmiş halde bulundu.
Sultan Abdülazizin naaşı, yan tarafta bulunan karakolhanenin kahve ocağına taşında ve bir ot yatağının üzerine yatırılıp üzerine bir perde örtüldü. İstanbulda bulunan elçilik hekimlerinin de katıldığı ondokuz kişiden kurulu doktorlar heyetinin Sultan Abdülazizi muayene ederek bir rapor hazırlaması kararlaştırıldı. Ancak Marko Paşa başta olmak üzere bazı doktorlar, eski hükümdarın naaşının karakolda bulunduğu durumdan üzüntü duyarak, muayeneye fiilen katılmadılar. Yüzeysel bir muayeneden sonra Sultan Azizin bir makasla intihar ettiğine karar verildi. Raporun hazırlanmasından sonra, Sultan Abdülazizin naaşı Topkapı Sarayına nakledilerek burada yıkandı ve babası II. Mahmudun Divanyolundaki türbesine defnedildi.
Sultan II. Abdülhamidin saltanatı döneminde, Sultan Abdülazizin öldürüldüğüne dair bazı söylentilerin ortaya çıkması üzerine bir mahkeme heyeti oluşturuldu (30 Mayıs 1881). Onun halinde ve halinden önce hizmetinde bulunanlar ve dönemin devlet adamları teker teker sorguya çekildiler.
Sonuçta Sultan Abdülazizin öldürüldüğüne karar verildi. Mahkeme kararına göre Pehlivan Mustafa, Hacı Mehmed ve Cezayirli Mustafa ile Mabeynci Fahri Bey bilfiil taammüden öldürme olayına katıldıklarından dolayı; Midhat, Mahmud, Nuri Paşalarla, Binbaşı Necib ve Binbaşı Namık Paşazade Ali Beyler de suç ortağı sayıldıklarından idama mahkum oldular. Daha sonra idam cezaları ömür boyu hapse çevrildi. Mahkumların cezalarını Taifte çekmelerine karar verildi.
Sultan Abdülazizin halinden sonra tahta çıkan Sultan V. Muradın (30 Mayıs 1876) saltanatı uzun sürmedi ve akli dengesinin yerinde olmadığı gerekçesiyle 31 Ağustos 1876da tahttan indirilerek Çırağan Sarayına gönderilir. Artık Sultan V. Murad için Çırağanda yirmi sekiz yıllık bir hapis hayatı başlıyordu.
Sultan II. Abdülhamid tahta çıktığında kısa bir süre Dolmabahçe Sarayında oturdu. Bu süre zarfında Çırağan Sarayında bulunan bir kısım eşya Dolmabahçe Sarayına nakledildi (25 Ekim 1876). Ancak II.Abdülhamid kendisinin de Sultan V. Murad gibi saltanattan uzaklaştırılabileceği endişesiyle Dolmabahçe Sarayından ayrılarak daha güvenli olan Yıldız Sarayını kullanmağa başladı.
20 Mayıs 1878de Sultan V. Muradı tekrar tahta çıkarmak amacıyla Ali Suavi ve etrafına topladığı yüzü aşkın Rumeli göçmeni tarafından Çırağan Sarayına bir baskın düzenlendi. Ali Suavi ve arkadaşları sarayın muhafızlarını etkisiz hale getirdikten sonra ikinci kattaki Sultan V. Muradın dairesine girdiler. Daha önceden haberli olduğu için giyinmiş vaziyette bekleyen V. Muradı saraydan çıkarmaya çalışırlarken olayı haber alan Beşiktaş Karakolu muhafızı Hasan Ağa (Yedi sekiz Hasan Paşa) bir grup askerle sarayı kuşattı. Çıkan çarpışmada Ali Suavi ve yirmi üç adamı ölmüş, bir kısmı yakalanmış, gerisi de kaçmayı başarmışlardı. Sultan V. Murad bu olay karşısında heyecana kapılarak kendisini hazine dairesine atmış ve kapıyı da arkasından kilitlemişti. Olayın bastırılmasından sonra V. Murad bir müddet Malta Köşkünde göz hapsinde tutuldu. Ancak bir süre sonra tekrar Çırağana nakledildi.
Ali Suavi vakasından sonra dışarıyla tamamen irtibatı kesilen eski hükümdar, daha sonraları Beşiktaş Ortaokulu olarak kullanılacak olan binada oturmaya başlamıştır. Sultan II. Abdulhamid, V. Muradın yeniden kaçırılma teşebbüslerine karşılık oldukça sıkı tedbirler aldırmıştı. Sarayın muhafız sayısı arttırıldığı gibi, kara ve deniz tarafından hiç kimse yanına dahi yaklaştırılmıyordu. Adeta bir yasak bölge ilan edilmişti. Saraya günde üç öğün yemek getiren tablakarlardan başkası giremiyordu. Sarayın arkasında yer alan Beşiktaş-Ortaköy caddesini kullananlar duraklamadan, etrafa bakınmadan ve kimseyle konuşmadan buradan hızlı adımlarla geçmek zorundaydılar. Sarayda bulunan V. Murad ve aile fertlerinin her ne sebepten olursa olsun, dışarı çıkmaları yasaklanmıştı.
Çırağan sarayı, siyasi koşullar nedeniyle, Sultan V. Muradın ölümüne değin (1904), ilgisizlik ve bakımsızlıktan oldukça harap bir duruma gelmişti. Sarayın tamir ve onarımı gereken yerlerine çok acil bir durum olmadıktan sonra herhangi bir müdahelede bulunulmamaktaydı. Bu dönemde birkaç köşk ilgisizlikten dolayı yıkılıp ortadan kaldırılmıştı. Genel olarak bütün köşk ve kasırların tamir ve bakımıyla ilgili olarak yapılan çalışmalarda Çırağan Sarayı hakkında ya padişahın özel izni gereğince müdahalede bulunabiliyor veya hiç bahsi dahi geçmiyordu.
1881 yılı Ağustos ayı içerisinde Hazine-i Hassa Nazırı Agop Paşa tarafından padişaha sunulan bir raporda; saray ve kasırların uzun zamandan beri gerekli tamirlerin yapılmamasından dolayı harabiyete yüz tuttukları ve dört-beş milyon lira sarfıyla meydana gelmiş olan bu saray ve kasırların bir kış daha böyle bakımsız bırakılır ise bu kadar masrafla meydana getirilen binaların büsbütün harap olacağı ve ileride yapılacak tamiratlarında oldukça büyük masraflara yol açacağı belirtiliyordu. Bu amaçla Sermimar-ı Devlet Serkiz Bey, Vasilaki Kalfa, Sabık Erkan-ı Harbiye Reisi Mahmut Mesud Paşa ve Hazine-i Hassa Heyet İdaresinde oluşturulan bir komisyonla bütün saray ve kasırların muayene edilerek keşiflerinin yapılmasına karar verildi. Bu iş için Hazine-i Hassadan kırk sekiz bin lira ayrılmıştı. Ancak bu kadar teferruatlı bir incelemede Çırağan Sarayı ayrı tutulmuş ve oluşturulan komisyona Çırağan Sarayında herhangi bir işlemde bulunmaması belirtilmişti (19 Ağustos 1881).
1891 yılında da yine saray ve kasırları koruma altına almak amacıyla bir talimat layihası hazırlanmıştı. Buna göre saray ve kasırlar ehemmiyetlerine göre üç kısma ayrılıyorlardı. Yıldız Mabeyn, Yıldız Bendegân, Ayazağa Kasrı, Maslak Kasrı, Nisbetiye Kasrı, Nişantaşındaki Taş Konak birinci kısımda; Dolmabahçe Sarayı, Harem ve Efendiler Daireleri, Hırka-i Saadet ve Emanet-i Mahsusa Daireleri, Koşu Çağlayan Kasrı ve Miriahur Kasrı ikinci kısımda yer alırken üçüncü kısımda da; Beylerbeyi Sarayı, Kalender Kasrı, Beykoz Kasrı, Tokat Kasrı, Küçüksu Kasrı, Hekimpaşa Kasrı ve Alemdağı Kasrı bulunuyordu. Hazine-i Hassada görevli kalfa ve mühendislerden birer kalfa ve mühendise bu binalar taksim olunacak ve hemen hemen her ay keşif ve muayenede bulunulacaktı (Ekim 1891).
Çırağan Sarayı bu dönemde de yine ihmal edilmişti. İsimleri belirtilen köşk ve kasırların dışında kalan diğer binaların tamir ve keşiflerinin padişahın iznine tabi olacağı belirtilerek, Çırağan Sarayı ile ilgili herhangi bir kontrol işleminin ancak padişahın oluru ve denetiminde yapılabileceği vurgulanıyordu.
Gümüşsuyu Hastahanesinin yeterli büyüklükte olmaması nedeniyle 12 Kasım 1880 tarihinde Çırağan Sarayı Paşa Dairesinin bir müddet hastahane olarak kullanılmasına karar verilmişti.
Çırağan Sarayı binalarından kuşhane olup daha sonra karakolhaneye çevrilerek Kılıç Ali Karakolu ismini alan yapının 27 Nisan 1883te dokuz bin yüz altmış üç kuruş masrafla tamiri yapıldı.
7 Aralık 1886da Çırağan Sarayı Ağalar Dairesi ile Bekçi Koğuşunun, Çadır Kasrı Bekçibaşısı Ali Rıza Efendi tarafından yapılan başvuru ile keşfi yapılarak on üç bin kuruş harcanarak tamiri yapıldı.
1888 yılı Ocak ayı başlarında çıkan bir fırtınadan sarayın rıhtımları ve bazı bölümleri büyük hasar görmüştü. Deniz kenarında bulunan köşk yıkılmak üzereydi. Gerekli tamiratın yapılması için Dikran ve Ohannes Kalfalar ile Hazine-i Hassa Mühendislerinden Safvet Salih Efendi tarafından 2 Ocak 1888de ilk keşfi yapıldı. Aynı heyet tarafından 23 Şubat 1888de ikinci bir keşif daha yapılarak onarımına başlandı. Sarayın çatılarında bulunan arızalı kurşunlar çıkarılarak yenileri konuldu. Mabeyn saltanat kapısı üzeri akmakta olduğundan mermer olukları ve kurşunların tamir edildi. Harap olan köşkün yıkılarak, çok kıymetli mermer sütunlarının da dikkatlice indirilip, sağlam bir yerde muhafazasına karar verildi. Sed duvarları üzerinde bulunan parmaklıklar yenilendi. Rıhtımda triyeste döşemeli mahallerin oynamış olan taşlarının noksanları giderildi. Paşa Dairesi önünde bulunan rıhtım fesh edilerek yerine yenisi yapıldı. Deniz kenarında bulunan ve yıkılmasına kara verilen köşkün önündeki rıhtım da harap olduğundan bunun da tamiri yapıldı. Bütün tamirat ve onarımlar için toplam 658.644 kuruş harcanmıştır.
İstanbulda, şehrin gaz ile aydınlatılması hususunda, "İstanbul Şehrini Tenvir Şirketi" adı altında kurulmuş ve belli bir müddet bu imtiyazı elinde bulundurma iznini almış olan kuruluşla, sarayların aydınlatılması konusunda bir anlaşma yapılır (8 Ağustos 1891).
Hazine-i Hassa Nazırı Agop Paşa ile Almanya Devleti tebasından ve İstanbul Şehrini Tenvir Şirketi Meclisi İdare Azası ve vekili Mösyö Frans Simon arasında yapılan anlaşmaya göre; hazinece ücretsiz olarak verilecek bir arazi üzerine Mösyö Simon tarafından Saray-ı Hümayunlar ile ek binalarına ait olmak üzere bir gazhane inşa edilecekti. Bu gazhaneden Yıldız Sarayı, Beşiktaş Sarayı, Çırağan Sarayı, Nüzhetiye Kasrı, Hamadiye, Orhaniye, Valide ve Mecidiye Camii Şerifleri ve Şazeli Dergahı ile bunların civarındaki askeri kışla ve karakolların Feriyye Daireleri ile Yıldız ve Dolmabahçede bulunan Istabl-ı Amireler ve mutfakların içinde ve dışında bulunan fener ve kandillerin şirketin imtiyaz süresi müddetince ücretsiz olarak aydınlatılması karara bağlanmıştı.
Sultan V. Muradın 29 Ağustos 1904te vefatından hemen sonra , çok zaruri hallerden başka hiçbir ilgi gösterilmemiş ve bakımsızlığa terkedilmiş olan Çırağan Sarayında büyük bir onarım faaliyeti içerisine girilir.
Fransanın İstanbul Büyükelçiliği Mimarı Antoine Perpiqnani, Sultan II. Abdülhamid tarafından görevlendirilerek, Tüfengi Tahir Paşa ve Mabeyn-i Hümayun Müdür-i Sanisi İzzet Bey ile birlikte 22-25 Mart 1905 günleri arasında, Çırağan Sarayını baştan aşağı tetkik ve kontrol ederek genel olarak planlarını çizip bir rapor hazırlar.
Antoine Perpiqnani raporunda, sarayın acilen tamir edilmesi gerektiği ve hatta iki yıl daha böyle bırakılacak olur ise tamirinin mümkün olamayacağını belirtiyordu.
Mabeyn, Yatak ve Valide Dairelerinden oluşan asıl saray binasının, bodrum katından en üst katına kadar tamamiyle tamire ihtiyacı vardı. Bunun nedeni de , sarayın inşaasında çatısına kaplanmış olan kurşunların, sonradan yapılan tamiratlar esnasında kaldırılarak yerlerine konulan galvanizli oluklu saçların bir müddet sonra çürümeleri ve dereler ile boruların yağmur sularını taşıyamayacak derecede dar ve kötü bir şekilde yapılmış bulunmasından dolayı suların uzun müddet bina içerisine akması olmuştu. Bu nedenle önce çatıya eskiden olduğu gibi kurşun kaplanmasına, mevcut dere ve boruların daha genişletilmesine ve ikinci katın hemen bütün tavanlarının akan sulardan dolayı harap olmuş parkelerinin, rutubetten bozulmuş bazı duvar nakışlarının, kapıları ile pencerelerinin dışarıda bulunan dört Marmara merdiveni sahanlıklarının, dahili merdivenlerinin, hamamlarının ve Ortaköy yönünde göçük derecesine gelmiş olan iki büyük mermer döşemeli saltanat holünün tamirine karar verilir. Tahmini olarak 13.192 lira harcama yapılması gerekiyordu.
Sarayın Harem Dairesi de , çatının bozukluğu nedeniyle harap bir duruma gelmişti. Bunun da ikinci katının bazı nakışlarının, abdesthane döşemelerinin, kapı ve pencerelerinin, hamam ve müştemilatının tamirine ve bodrum katının tamamen çürümüş olan döşemelerinin yenilenmesini istenir. Cephesinin tamiriyle korkuluklarına kurşun kaplatılmasına ve arka tarafta bulunan avluda mevcut hamamın müştemilatıyla birlikte çatı, sıva, kapı ve pencerelerinin ve holde hademeye ait üç dairenin tamirine toplam 6.180 lira keşif bedeli konmuştu.
Ağalar Dairesinin harap olmasının nedeni de diğer iki dairede olduğu gibi çatısının bozukluğuydu. İkinci katının çatısı ile tavanının, diğer katların döşemelerinin tamiriyle, tamir edilemeyecek durumda olan kapı ve pencerelerinin yenilenmesi, yağlı boya ve badanasının yapılması için 4.800 lira öngörülmüştü.
Sarayın Mabeyn Dairesi arkasında, sed duvarlarının Ortaköy Caddesi üzerinde bulunan köprüyle birleştiği noktada "Çini Köşkü" ismiyle anılan bir köşk yer almaktaydı. Bu köşk tamir edilemeyecek derecede harap olduğundan yıkılarak, çok güzel ve parlak olan çinilerinin dikkatlice sökülerek temizlenip sandıklara konulması uygun görülür. Bu işlem için yaklaşık 204 lira gerekmekteydi. Çıkarılan çinilerden en adi bir numunesinin çizimi yapılarak padişaha sunulmuştur.
Saray-ı Hümayunun kısmen taştan ve kısmen demir parmaklıktan ibaret olan muhafaza duvarlarının taş kısmı cüzi tamire ve dökmelerin üzerindeki boya ve pasların kazınarak temizlenip yeniden yağlı boya ile boyanmaya ihtiyacı vardı. Deniz tarafındaki rıhtım üzerinde yer alan üstü parmaklıklı muhafaza duvarları, Marsilya taşından inşa olunmuş olup, içerden ve dışardan bir takım silmelerle süslenmiş olmasına rağmen zamanla bozulmuş olan bu süslemelerin yenilenmesine ve duvarın iç kısmında bulunan Mermer Köşkün içerisinden yıkılmış olması dolayısıyla, deniz tarafında mevcut her biri ikiyüz lira kıymetinde olan ondokuz adet büyük sütun ve on adet küçük sütununun başka bir binada kullanılmak üzere kaldırılması için 2.870 liraya ihtiyaç duyulmaktaydı.
Sarayın rıhtımı sağlam olmasına rağmen üzerinde bulunan mermer döşemeler tamamen bozulmuş ve adeta ağaç gibi eğilip kabarmış olduğundan, rıhtım tamiri için de 4.150 lira gerekiyordu.
Ağalar Dairesinin Beşiktaş yönündeki limanının taş ve yosunlardan temizlenmesi için yaklaşık 320 lira, bahçedeki havuzların tamiri için de 140 lira harcanacaktı.
Saltanat kapılarının mermerlerinin temizlenerek demir dökme kapılarının boyalarının yenilenmesi için 1.205 lira ve toplam olarak Çırağan Sarayının bütün müştemilatıyla birlikte yapılacak masraf 36.367 lira olarak belirlenmişti.
Antoine Perpiqnani tarafından yapılan keşiften sonra, sarayın acil olarak tamir edilmesi ihtiyacı yönetim tarafından kabul edilerek gerekli kaynak arayışı içerisine girildi. Bunun için Hazine-i Hassa Nazırı Ohannes Efendi, diğer masraflardan kesilerek, haftada 500 lira kadar bir paranın Çırağan Sarayı tamiratı için ayrıldığını belirtiyordu (28 Haziran 1905).
Yapılan tamirattan bir müddet sonra, sarayın bazı bölümlerinde iç döşemeyle ilgili olarak çalışmalara başlandı. Harem Dairesinde onüç oda ve bir sofa Hereke Fabrikası mamulatından kumaş ve halılarla döşendi. Mobilya ve diğer eşyaları yeniden imal edilerek dairenin alt ve üst katlarında bulunan bütün oda ve sofalar ile merdivenlerine hasır serildi. Mabeyn Dairesine yüzaltmış bir adet şemsiye asımı ile birlikte toplam olarak 82.061 kuruş harcama yapıldı (2 Eylül 1807).
Sultan II. Abdülhamid döneminde Çırağan Sarayı ile ilgili olarak yapılan son tamirat çalışması 15 Mart 1908 tarihli Paşa Dairesinin cephe sıvalarının yenilenmesi olmuştur.
Dolmabahçe Sarayı dış görünüşündeki zarafet ve Boğaziçi'nin kazandırdığı ihtişam dışında çağdaşı Avrupa sarayları ile mukayese edilemeyecek bir hacim ve tevazudadır. Bu saraydaki hayat da adeta Topkapı Sarayı'nın ananesini muhafaza etmiştir. Yani sıkışık bir düzen, disiplinli bir hayat hakimdir. Bilhassa Sultan Abdülmecid ve Sultan Abdülaziz zamanlarındaki israf gürültüleri Sultan Abdülhamid devrinde adamakıllı tutumlu bir saray hayatına dönüşmüştür.
Çırağan Sarayı geçirdiği yangından sonra harabeye döndü ama daha beteri, hizmet verdiği I.Meclis-i Mebusan'ın faaliyeti ile ilgili bütün arşivi de kül oldu. Çırağan Sarayı meşum bir saraydır. İçindeki Feriye Karakolu bugün restoran olarak kullanılıyor. İntihar mı cinayet mi? Tartışmaları hala sürüyor.
Sultan Abdülmecid saltanatının yarısını muhtelif yerlerde yaşayarak geçirdi. Dolmabahçe Sarayı dışında, Ihlamur Kasrı gibi bir av köşkü, Haliç'i ve Marmara'yı seyretmek için Çarşamba'da Sultan Selim Camii yanındaki küçük köşk ve Topkapı Sarayı içindeki küçük Mecidiye Kasrı onun devrinde yapıldı. İstanbul'u seyretmeyi severdi. Bunlar bir imparatorluk için israf değildir. Almanya'daki küçük dükalıklarda bile daha fazlası yapılırdı.
Sultan Abdülaziz 1861de tahta çıktığında Çırağan Sarayı inşaatı kendisini beklemekteydi. Yeni Padişah saltanatının ilk yıllarında uyguladığı tasarruf tedbirlerini kısa süre sonra bir yana bırakarak 20 Ocak 1863 günü sarayın yapımını başlatır.
Yeni Çırağan Sarayının yapımı ile ilgili bilgiler dörder haftalık icmaller halinde hazine defterlerine kaydedilmekteydi. Malzeme alımlarıyla ilgili ayrıca kontrat defterleri oluşturulmuştu. Kontrat defterlerinde alınacak malzemenin bütün özellikleri sırasıyla sayılmakta ve bir numune üzerinde gösterilmekteydi. Teslim edilen malın gösterilen numunesine uygun olmaması ve belirtilen özelliklerde bulunmaması durumunda hiçbir ücretin ödenmeyeceği vurgulanmaktaydı. Ülke içerisinde uzak bölgelerden temin edilen kereste ve sair malzemenin hangi yollardan İstanbula taşınacağı ve gerekirse ulaşımda güçlük çekilen bölgelerde devlet tarafından acilen yol yapımı çalışmalarının başlatılacağı teminat altına alınmaktaydı. Ödemelerin ne şekilde yapılacağı, karşılıklı gecikme durumlarında uygulanacak faizin miktarı da yine aynı kontrat maddeleri arasında yer almaktaydı. 
